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新算法揭示罕见CRISPR基因模块,有望催生更安全有效基因组疗法

指桑骂槐网2024-04-13 04:03:48【综合】7人已围观

简介科技日报记者 张梦然美国麻省理工学院和哈佛大学博德研究所最新开发出一种名为FLSHclust的新算法,在数十亿个蛋白质序列中发现了188个罕见且以前未知的CRISPR连接基因模块,其中包括新

科技日报记者 张梦然

美国麻省理工学院和哈佛大学博德研究所最新开发出一种名为FLSHclust的新算新算法,在数十亿个蛋白质序列中发现了188个罕见且以前未知的法揭法CRISPR连接基因模块,其中包括新的示罕生更VII型CRISPR-Cas系统。新发现为利用CRISPR系统和了解微生物蛋白质的见CR基基因功能多样性提供了新机会。

CRISPR系统已被用来开发越来越多的因模有效新型生物分子方法,包括著名的望催CRISPR/Cas介导的基因组编辑。而此前未知的安全CRISPR系统的出现,将推动这些生物技术进一步发展。组疗

不过,新算尽管CRISPR工具箱已通过蛋白质序列数据库得到扩展。法揭法但常用的示罕生更算法在挖掘包含数十亿蛋白质呈指数增长的数据集时,显得不切实际。见CR基基因

为了解决这一限制,因模有效研究团队开发了FLSHclust算法,望催这是安全一种通过序列相似性对蛋白质进行聚类的算法,与目前可用的方法不同,它能快速有效地分析大量蛋白质序列数据库。

利用新算法,团队在包含80亿个蛋白质和1020万个CRISPR阵列的宏基因组数据库中搜索罕见的CRISPR系统,发现了188个以前未知的CRISPR相关基因,同时鉴定并表征了一类新的包含CRISPR系统的Cas-14(即VII型),其作用于RNA。

此次新发现的系统十分罕见。研究人员表示,这种先前未知的Cas基因和CRISPR系统的发现,极大地扩展了CRISPR的多样性,揭示了CRISPR系统前所未有的组织和功能的灵活性与模块化,同时也表明大多数变异都是罕见的。

总编辑圈点

近年来,CRISPR-Cas9基因编辑技术在生命科学等领域得到迅速推广和应用。它成本低廉,简单易用,成为科学家做生物学实验的得力助手。不仅如此,该技术本身也成为生命科学领域备受关注的热门研究课题。需要指出的是,尽管CRISPR-Cas9基因编辑技术非常好用,但它并不完美。因此,发现更多的CRISPR-Cas系统,丰富了基因编辑技术“工具箱”,为生命科学研究提供了更多选择,同时也有望促进基因编辑技术继续迭代升级。

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